Кустанайская лошадь выведена в Кустанайской области, издавна отличавшейся развитым табунным коневодством. В табунах содержали местных казахских лошадей, хорошо приспособленных к круглогодичному пастбищному содержанию, но низкорослых, с
малопродуктивными движениями.

Для получения более качественной и дешевой армейской лошади местное конское поголовье стали улучшать заводскими породами. В этил целях были организованы госконюшни: Тургайская - в 1887 г., Кустанайская - в 1887 г. и Оренбургская - в 1890 г. В госконюшнях содержали большое количество жеребцов-производителей донской, калмыцкой, стрелецкой, чистокровной верховой к других пород.

Поглотительное скрещивание местных кобыл с производителями заводских пород оказалось малоэффективным. Высококровные помеси не выдерживали суровых условий табунного содержания. Поэтому в 1898 г. при Куланайской госконюшне был создан племенной рассадник по улучшению местных казахских лошадей на основе разведения их "в себе". Жеребят отнимали от матерей в октябре.

Молодняк всех возрастов в зимнее время находился на базово-сарайном содержании с подкормкой сеном и овсом. Качество поголовья несколько улучшилось, но животные не соответствовали требованиям, предъявляемым к армейской строевой лошади.

Начиная с 1908 г. в рассаднике стали скрещивать казахских кобыл с донскими и стрелецкими жеребцами, а полученных помесей спаривали с производителями чистокровной верховой породы. Улучшили кормление и содержание лошадей. Межпородные скрещивания в рассаднике в отличие от примитивных условий кочевого коневодства дали хорошие результаты. Трехпородные помеси обладали массивным корпусом, крепкими ногами и хорошими движениями.

В 1920 г. госконюшня и рассадник были преобразованы в Кустанайский конный завод, в котором началось проведение планомерной работы по выведению новой породы. В племенной работе использовали воспроизводительное скрещивание. Молодняк тренировали и испытывали в гладких скачках.

В 1935 г. из Кустанайского был выделен Майкульский конезавод, который также включился в селекционную работу по выведению новой породы. К началу 50-х годов в Казахстане был создан значительный массив хороших верховых лошадей. В 1951 г. была утверждена новая отечественная порода, получившая название "кустанайская".

Авторами породы признаны: проф. Г. Г. Хитенков (руководитель работы, ВНИИК), М.Г. Моторико. В.М. Сгринская, П.Я. Найденов, В.Б. Мунькин, А. А. Глотов. Кустанайские лошади хорошо приспособлены к культурно-табунному содержанию.

Средние промеры племенных жеребцов, записанных в I том Государственной книги, см: высота в холке - 156,9, косая длина - 157,4, обхват груди - 182,3, обхват пясти - 20,2; промеры кобыл соответственно 154,3 -155,5- 185,0 - 19,4. Основные масти - рыжая, гнедая разных оттенков. Лучшие лошади сосредоточены на конных заводах: Сарытургайском, Краснодонском и на коневодческой ферме Кустанайской областной сельскохозяйственной опытной станции.